截至2013年9月，该校有财经学院、工商管理学院、水产学院、生物工程学院、体育学院、财经学院、教师教育学院、工商管理学院、信息工程学院、计算机工程学院、机械与能源工程学院、理学院、外国语学院、政法学院、文学院、工程技术学院、成人教育学院、海外教育学院、音乐学院、美术学院等20个二级学院，另设有1个独立学院——集美大学诚毅学院 。专业设置： 学院专业科类层次学制航海学院交通运输理工本科四航海技术理工本科四物流管理理工本科四轮机工程学院 电气工程及其自动化理工本科四轮机工程理工本科四船舶电子电气工程理工本科四船舶与海洋工程理工本科四水产学院 动物科学理工本科四水产养殖学理工本科四海洋渔业科学与技术理工本科四动植物检疫理工本科四食品与生物工程学院食品科学与工程类（食品科学与工程、生物工程、环境工程）理工本科四体育学院 体育教育体育（文、理）本科四社会体育指导与管理体育（文、理）本科四运动训练体育单招本科四武术与民族传统体育体育单招本科四财经学院 经济学文、理本科四国际经济与贸易文、理本科四财政学文、理本科四金融学文、理本科四投资学文、理本科四会计学文、理本科四教师教育学院 教育技术学理工本科四学前教育文、理本科四小学教育(语文方向)文史本科四小学教育(数学方向)理工本科四工商管理学院 工商管理文、理本科四市场营销文、理本科四旅游管理文、理本科四电子商务理工本科四音乐学院 音乐学艺术（文、理）本科四音乐表演艺术（文、理）本科四舞蹈表演艺术（文、理）本科四美术学院 美术学艺术（文、理）本科四视觉传达设计艺术（文）本科四动画艺术（文）本科四环境设计艺术（文）本科四环境设计（闽台合作项目）艺术（文、理）本科四信息工程学院 电子信息工程理工本科四通信工程理工本科四电子科学与技术理工本科四计算机工程学院 计算机科学与技术理工本科四软件工程理工本科四网络工程理工本科四信息管理与信息系统文、理本科四机械与能源工程学院 机械类（含机械类、能源动力类）理工本科四机械设计制造及其自动化（闽台合作项目）理工本科四理学院数学与应用数学理工本科四信息与计算科学理工本科四应用物理学理工本科四地理信息科学理工本科四光电信息科学与工程理工本科四光电信息科学与工程（闽台合作项目）理工本科四外国语学院 英语(师范)文、理本科四英语文、理本科四日语文、理本科四翻译文、理本科四政法学院 法学文史本科四法学(海商法方向)文、理本科四社会工作文史本科四文学院 汉语言文学文史本科四汉语言文学(商务秘书方向)文史本科四汉语国际教育文史本科四工程技术学院工程管理理工本科四教育部指定预科班培养基地民族预科班文、理预科一 截至2014年8月31日，该校共有专任教师1524人，外聘教师169人，折合教师总数1609人，其中高级职称760人，中级职称701人；博士、硕士学位1168人。有国家级教学团队1个，省级教学团队7个 。截至2011年，该校有1人入选 “新世纪百千万人才工程”国家级人选，13人入选“福建省百千万人才工程”，7人入选“福建省高等学校新世纪优秀人才支持计划”，双聘院士5人。国家级教学团队：轮机工程学科教学团队省级教学团队：微生物学教学团队、机械工程学科教学团队、轮机工程学科教学团队、水产养殖学教学团队、船舶与海洋工程专业核心课程教学团队、公共数学教学团队、航海技术教学团队 截至2013年9月，该校建有2个一级学科博士点，9个一级学科硕士学位授予点（覆盖56个二级学科硕士点），2个硕士专业学位点（10个领域）。本科专业覆盖工学、农学、经济学、管理学、教育学、理学、文学、法学和艺术学等9个学科门类。有2个一级学科被列入福建省特色重点学科，8个一级学科列入省级重点学科 。福建省特色重点学科（2个） 水产、船舶与海洋工程 福建省省级重点学科（8个） 水产、食品科学与工程、船舶与海洋工程、交通运输工程、体育学、数学、应用经济学、中国语言文学 一级学科博士点（2个） 水产学、船舶与海洋工程 一级学科硕士点（9个） 水产学、生物学、食品科学与工程、交通运输工程、船舶与海洋、体育学、应用经济学、数学、中国语言文学 硕士专业学位点（4个） 农业推广硕士、工程硕士、教育硕士、税务硕士 截至2013年9月，该校有4个国家级特色专业建设点，1个国家级教学团队，1个国家级实验教学示范中心，1个国家级本科专业综合改革试点项目。11个省级特色专业建设点，11个省级专业综合改革试点，37门省级精品课程 。建有水产科学与技术实验教学示范中心、生命科学基础教学示范中心、电工电子实验中心、机械基础实验中心等省级实验教学示范中心和福建省水产学研究生教育创新基地等省级研究生教育创新基地 。2013年，该校在福建、安徽等12个省份进入本一批招生，其中福建、安徽、河南、西藏、山西五省除航海类水上专业外，其余文理科招生专业安排在本一批；江西、贵州、甘肃、河北、四川、江苏、云南等七个省份有部分招生专业升格为本一批招生 。设有福建省“中国近现代史纲要”课程教师培训与研修基地 。国家级特色专业（4个）轮机工程、财政学、航海技术、水产养殖学省级特色专业（10个）水产养殖学、食品科学与工程、轮机工程、财政学、法学、航海技术、计算机科学与技术、会计学、民族传统体育、热能与动力工程国家级实验教学示范中心（1个）海上专业实验中心国家级本科专业综合改革试点项目（1个）航海技术省级专业综合改革试点（11个）水产养殖学、航海技术、食品科学与工程、机械设计制造及其自动化、轮机工程、小学教育、通信工程、船舶与海洋工程、热能与动力工程、计算机科学与技术、光信息科学与技术省级精品课程（37门）高等数学、航海学、大学物理、宏观经济学、编译原理、微生物学（含实验）、田径、企业理财学、机械原理、中国古代文学、有机化学（含实验）、机械设计基础、WEB编程技术、会计学、船舶辅机、财政学、运动生理学、航海雷达与ARPA、船舶电气设备及系统、武术专项理论与实践、生化工程、食品分析、外国文学、社区工作、航海自动化基础、船舶柴油机、软件工程、生物统计与计算机辅助分析、排球、教育学、电脑音乐、远洋业务与海商法、动物生理学、传热学、船舶货运、水产动物病理学、食品原料学省级人才培养模式创新实验区（8个）小学教育专业人才培养模式创新实验区、基于强化实践技能的轮机工程专业复合型人才培养模式创新实验区、机械设计制造及其自动化专业人才培养模式创新实验区、航海技术专业应用性人才培养模式创新实验区、应用型创新人才工程训练实践教学创新实验区、三化结合理念下嵌入式与智能信息处理人才培养模式创新实验区、食品科学与工程专业人才培养模式创新实验区、社会体育专业人才培养模式创新实验区
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