主题图案外形为“鼎”寓意中医药文化的传承与鼎盛；内形为”炉“，象征岐黄学子在校内淬炼成才。内核的太极图案为艺术化呈现。主体图案似”申“，特指上海申城，彰显学校的地域特点及海纳百川、兼容并蓄的文化特征。该图案又似篆书“东”，暗含中医药文化源起东方之意。图案中央蕴含“中”字造型，体现学校的中医药特色。中英文校名体现学校的国际化与开放性。“1956”表示建校时间。色彩为暗红色，古朴，庄重，衬托出学校源远流长的历史。
上海中医药大学原来的校徽是黑白太极图案非常鲜明，在2015年启用了现在这个新的红颜色的校徽，图形为鼎，内形为炉，象征岐黄学子在校内淬炼成才。
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