哈尔滨工程大学2022年在全国本科院校排名第62位，本省大学排名第2位。哈尔滨工程大学2021年全国本科大学排名第63位，2020年排名第60位，2019年排名第59位。
1970年，在哈军工原址以海军工程系为主体组建哈尔滨船舶工程学院；1981年成为首批具有博士、硕士学位授予权单位；1994年，更名为哈尔滨工程大学。哈尔滨工程大学王牌专业国家级特色专业：船舶与海洋工程、轮机工程、热能与动力工程、自动化、核工程与核技术、测控技术与仪器、信息对抗技术。教育部“卓越工程师培养计划”专业：电子信息工程、通信工程、自动化、测控技术与仪器、船舶与海洋工程、核化工与核燃料工程。一级学科国家重点学科：船舶与海洋工程、控制科学与工程。
二级学科国家重点学科：船舶与海洋结构物设计制造、水声工程、轮机工程、导航、制导与控制。
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