石河子大学是一所双一流大学。石河子大学是国家“211工程”重点建设大学、国家西部大开发重点建设大学、部省共建大学。是“中西部地区高校基本能力建设工程”和“中西部地区高校综合实力提升工程”（一省一校）的入选高校。2017年入选国家“双一流”建设（一流学科）大学。
石河子大学现有经济学、法学、教育学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学、艺术学等11个学科。学校现有本科专业94个，一级学科博士学位授权点8个，一级学科硕士学位授权点26个，硕士学位授权类别20种，博士后科研流动站4个，博士后科研工作站2个。现有国家一级建设学科1个，国家重点学科1个，区域重点学科10个。临床医学、农业科学和化学是世界上ESI的前1%。有国家一级专业建设工地6个，国家一级课程8个，省级一级专业建设工地24个。
石河子大学拥有3支国家级教学团队，2名国家级名师，4门国家级精品课程，3门优秀视频公开课，2门优秀资源共享课，5个国家特色专业建设项目，1个实验教学示范中心。该校是教育部优秀（博士、工程师、农林人才）教育培养计划试点大学，设有6个优秀人才培养计划试点专业。学校还设有全国大学生文化素质教育基地和校外实践教育基地。
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