1、内容和性质不同。心理咨询师主要学习的内容是心理学，在工作当中主要是处理一些心理有问题的社会人员或是需要心理帮助的人，属于一种社会服务类工作。而心理医生学习的是一般医学以及精神病学和心理学，所面对的多是心理或是精神上确定出现疾病的病患。
2、级别认证的体系不同。心理咨询师的级别认证是由其所任职的机构来进行评定的，一般分为五级，分别为：初级咨询师，中级咨询师，高级咨询师，资深咨询师，首席咨询师。而心理医生的级别证定是由医院来进行的，评定的是专业的医学职称，分为：初级(医士，医师/住院医师)，中级(主治医师)，副高级(副主任医师)，正高级(主任医师)。
3、权限上的不同。由于心理咨询师只是做一些咨询和服务工作，所以，在遇到有心理或是精神疾病的患者时，心理咨询师是没有开处方的权限的，只能够建议病人转诊到医院进行治疗。而心理医生则有处方权，可以给患者进行开药或是其他相关的对症治疗，比如使用镇定剂或者强制限制患者的一些行为等等。
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