看法之一是海水温度升高导致珊瑚褪色变白。意大利热那亚大学生态学教授维耶蒂在热那亚举行的一次海洋学会议上介绍他的研究成果时说，由于地中海水温升高，珊瑚体内的微型海藻大量死亡，使珊瑚颜色变淡，珊瑚生长受到影响。维耶蒂教授说，最近十几年来，地中海海水温度大幅升高，导致很多水生动物大量死亡。1999年夏末，利古里亚海大量软体动物死亡，有的品种完全灭绝。据观测，当时这一地区海水水温比平均温度高出4摄氏度。
看法之二是海水浑浊、对阳光的透射能力下降，也会使珊瑚礁面临威胁。美国海洋学家在佛罗里达群岛进行观察，发现一部分珊瑚礁难以得到充足的阳光，光合作用产生的营养只能勉强维持生存，无法继续增长。此外，阳光不足还迫使珊瑚向浅水区迁移，而这些水域的海浪会毁坏珊瑚礁。过去20年来，沿海地区开发、海岸侵蚀、水体污染、海藻增加等因素使一些海域的海水透明度明显下降。
看法之三是某种病毒是导致珊瑚白化的祸首。英国海洋生物学协会的科学家提出，水温升高可能只是一个触发因素，病毒可能是导致珊瑚白化的根本原因。他们用一种绿色海葵--珊瑚的近亲进行试验，把它们在32摄氏度的水里放24小时，这一温度远高于海葵习惯的15摄氏度。结果发现水温升高使一种病毒在海葵内部的共生藻里大量增殖。研究人员说，这一现象表明，在珊瑚内部可能存在类似的病毒。这些病毒平时以休眠状态存在于共生藻的DNA里，水温升高或紫外线辐射增强会激活它们。如果上述关于病毒的猜测被证实，就可以解释为什么珊瑚对水温的敏感程度不同。
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