总公司收款分公司开具发票可以出一份三方收款证明，总公司和分公司挂往来帐。具体如下：
分公司开票挂客户应收，具体分录如下：
借：应收账款—XX，
贷：主营业务收入，
贷：应交税费—应交增值税(销项税额)。
当客户打款到总公司时，分公司做如下分录：
借：其他应付款—内部往来，
贷：应收账款—XX。
总公司做如下分录：
借：银行存款，
贷：其他应收款—内部往来。
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