2000年，阿克陶县共辖11乡、2镇、119个村、556个村民小组。2镇是：阿克陶镇、奥依塔克镇，11个乡是：玉麦乡、皮拉勒乡、巴仁乡、加马铁热克乡、喀热开其克乡、布伦口乡、木吉乡、克孜勒陶乡、卡尔隆乡、库斯拉甫乡和塔尔塔吉克族乡。名称下辖单位阿克陶镇辖9个村：亚格恰克村、诺库其艾日克村、喀依恰艾日克村、奥达艾日克村、巴仁艾日克村、英其开艾日克村、其克尔铁热克村、央其买里村、拱拜孜艾日克村。奥依塔克镇辖4个村：奥依塔克村、皮拉勒村、阿特奥依纳克村、恰勒玛艾日克村。玉麦乡辖12个村：霍伊拉艾日克村、加依铁热克村、玉麦村、恰格尔村、英阿依玛克村、阿勒吞其村、阿玛希村、尤喀克霍伊拉村、库尼萨克村、喀什艾日克村、库尔巴格村、兰干村。皮拉勒乡辖18个村：喀拉苏村、皮拉勒村、阿克土村、依克其来村、塔孜勒克村、恰尔巴格村、帕拉其村、阔苏拉村、拜什铁热克村、墩都热村、琼巴什村、英阿尔帕村、阿克提其村、霍伊拉阿勒迪村、依也勒干村、阿克美其特村、苏鲁克村、乌尊拉村。巴仁乡辖14个村：库尔干村、巴仁村、阔滚其村、吐尔村、库木村、加依尔村、且克村、阿热买里村、萨依巴格村、克孜勒吾斯塘村、墩巴格村、也勒干村、古勒巴格村、汗铁热克村。喀热开其克乡辖4个村：博斯坦村、阔什都维村、比纳木村、托普勒利克村。加马铁热克乡辖6个村：阔什太克村、巴格拉村、赛克孜艾日克村、阔纳霍伊拉村、乌科村、喀什博依村。木吉乡辖4个村：木吉村、琼让村、昆提别斯村、布拉克村。布伦口乡辖5个村：苏巴什村、布伦口村、恰克尔艾格勒村、盖孜村、托喀依村。库斯拉甫乡辖4个村：英阿瓦提村、宗塔什村、阿克其格村、科克鲁克村。克孜勒陶乡辖11个村：乌尔都隆窝孜村、喀尔乌勒村、塔尔开其克村、艾杰克村、喀拉塔什其木干村、托云都克村、塔木村、喀普喀村、其木干村、阿尔帕勒克村、喀拉塔什村。恰尔隆乡辖5个村：吉郎德村、麻扎窝孜村、托依鲁布隆村、巴勒达灵窝孜村、喀依孜村。塔尔塔吉克族乡辖5个村：巴格村、阿勒马勒克村、巴格艾格孜村、别勒迪尔村、库祖村。托尔塔依农场阿克达拉牧场原种场多来提布拉克种羊场克孜勒苏柯尔克孜自治州林场
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