琼海市人民政府是琼海市人民代表大会的执行机关，是琼海市的国家行政机关。琼海市人民政府对琼海市人民代表大会和海南省人民政府负责并报告工作。琼海市人民政府在琼海市人民代表大会闭会期间，对琼海市人民代表大会常务委员会负责并报告工作。
琼海市人民政府的主要职责为：
（一）落实党中央和国家、省委省政府的方针政策、法律法规、规章制度和发展战略，执行市委市政府决策部署和海南自由贸易试验区、中国特色自由贸易港琼海（东部区域中心城市）政策措施。
（二）负责市政府会议的准备工作，协助市政府领导同志组织实施会议决定事项。
（三）协助市政府领导同志组织起草或审核以市政府、市政府办公室名义发布的公文。
（四）研究各镇人民政府和市政府各部门请示市政府的事项，提出审核意见，报市政府领导同志审批。
（五）推动省政府重要决策部署、重点工作任务的贯彻落实；督促检查各镇人民政府和市政府各部门对市政府决定事项、市政府领导同志指示及海南自由贸易试验区、中国特色自由贸易港琼海（东部区域中心城市）政策的贯彻落实情况，及时向市政府领导同志报告；根据督查结果提出问责或激励建议。
（六）负责市政府值班工作，及时报告重要情况，传达和督促落实市政府领导同志指示，协助处理各镇人民政府和市政府各部门向市政府反映的重要问题。
（七）负责省人大、省政协和市人大、市政协交市政府的有关议案、提案的办理工作。
（八）负责全市政务信息的采编、分析、上报。
（九）负责监督指导全市机关、团体、企事业单位和其他组织的档案工作，依法查处档案违法案件。
（十）负责信访工作，办理市领导交办的有关信访事项。
（十一）负责本级党政机关办公用房的统一调配、统一权属登记及办公用房建设、维修项目审定等管理工作。
（十二）负责全市党政机关和市财政预算管理事业单位的公务用车编制、购置、处置等管理工作，指导和监督全市公务用车管理工作。
（十三）负责推进、指导、协调、监督全市公共机构节能工作及市直公共机构节能管理工作。
（十四）承担市委、市政府和上级部门交办的其他任务。
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