实行查账征税办法的个人独资企业和合伙企业的个人投资者的生产经营所得比照“个体工商户的生产、经营所得”税目征收个人所得税。个体经营所得税计算方法为：
个体经营应纳税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数；
应纳税所得额=收入总额-成本、费用及损失-起征点；
其中：
个体工商户的收入包括：个体户从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入。
税前扣除的成本、费用及损失包括：个体户从事生产经营所发生的各项直接支出和间接费用以及销售费用、管理费用、财务费用和各项营业外支出。
需注意的是，个体工商户和从事生产经营的个人，取得与生产、经营活动无关的其他各项应税所得的，应分别按照有关规定计算征收个人所得税，如个体工商户对外投资取得的股息所得，应按“利息、股息、红利所得”税目纳税。
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