实施负向清单的难点有：
1、对跨境资金流动进行有效监管的手段不足：现有的外汇检测分析水平不高、手段滞后，未能建立对跨境资金流动监管的涉外监管协调机制；
2、“相机抉择”政策时滞与现实变化产生政策错配：采取“相机抉择”模式，与同期整体经济环境、进出口态势、跨境资金流动等紧密关联，从发现问题、逐级反馈到制定政策、分步实施都存在不可避免的时滞；
3、寻求监管与市场的最优边界知易行难：监管者和市场主体双方都有将“边界”前移的理性动机或非理性冲动，如何坚持“市场化导向”，处理好市场导向与加强监管的关系，按照既定的监管目标在实践中划定“最优边界”，并非易事。
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