完善农业专项资金审计的对策主要包括：
1、改变农业专项资金审计的方式：即审计单位在制定审计计划时，应对重点的农业开发项目和农业专项资金尽量安排事中审计或事前审计，并坚持全过程跟踪审计工作的开展；
2、完善农业专项资金审计的方法：即审计单位可以采用分析性复核与现场实地调查相结合、点面结合等技术对审计方法进行完善；
3、强化对农业专项资金的绩效审计：即审计单位应当科学地确定项目绩效评价指标体系以及界定项目绩效的高低；
4、加大对农业专项资金违规行为的处罚力度：即相关部门应当对严重违反财经纪律、侵吞国家财产和挤占挪用农业专项资金的单位及个人依法严肃处理。
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