我觉得No.3是上交。
简评如下：
华东五校和人大，大致同一档次。其中，中国科技大学和人民大学是同一类型，偏科偏得极其严重。这种大学，强则强已（而且各自在自己领域中不是一般地强，是特别强），但缺乏争三的综合性大格局。
当然，上述评价是承认综合性对于Top3的重要性为前提。如果科和人的校友不认为偏科是缺陷，那么请互相辩，因为你们两校所擅长的领域彼此缺乏交集，任何一方自认top3，就同时意味着对另一方学术成就的鄙视。
其他四校，南京大学由于没有抓住之前大学合并的契机，只能做到“小而精”，无法“大而强”。加上同城双星的问题，受东南大学掣肘。因此，南大目前不仅无法和浙复交相比，而且也逊色于偏科的人大和中国科技大，以至背负华五垫底之谤。
浙复交三者之中，各有优势。综合实力浙大第一，但地域优势复交加分。在复交之中，近些年复旦发展不如上交。可能这是一种惯性，传统的文理大学和工科大学现在都在向综合性大学来转，但工科大学的转型普遍更为成功（浙大和上交，甚至加上清华，都是工科大学转综合大学的成功典型）。一方面是因为工科大学资金充沛；另一方面，也可能是因为建设文理科的门槛相对较低。
至于复旦和浙大之间的对比嘛，浙大在二十年内迅速崛起，名望的升腾相对实力的激增，是存在滞后性的。70后和80后人群目前是社会中坚力量，在他们青少年时期，复旦正处于政策“输血式”扶持的黄金40年（50年代“院系调整”之后到90年代“高校合并潮”之前），而那时浙交都是被先后打压的，在公众视野中隐形了。这使70后和80后对复旦Top3的认同根深蒂固，很难改变。（当然，此类事例也有例外。当年南开还曾有Top4的美誉呢，但后来因实力大幅跳水而跌落神坛。虽然现在都在传言复旦衰落，但我看其实力尚不太可能大幅跳水。）
有鉴于此，复旦以往残存的名气目前还优胜于浙大，我估计，至少要再经过一代人的时间，也就是90后或00后成为社会中坚之后，才会被超越。当然，不能小看上海的地域优势。虽然中国的金融中心早就转移到北京了，上海的地位有所下降，但其基础仍在，不可小觑的。不过，同城双星格局，使复旦受到了上交的压制，这也是问题。除上述因素之外，复旦好像也没啥能跟浙大相比的了。
由此可见，如果说复旦拥有的是“过去”，那么浙交拥有的，则是“现在”和“未来”。因此，除北清之外，中国第三是浙大或者上海交大。
当然，补充一下浙大的缺陷，也很明显，主要有两个：1、虽然整体规模完备实力超群（绝大多数学科都能在全国前十名以内），但能跻身全国前五的学科还较少。然而，观察数次学科评估，学科水平在极速上升，这个短板正在迅速补足；2、浙大的崛起特别受惠于浙江地方支持，四校合并时浙江最强的三个省属高校皆被取消，致使高招规模锐减，省内高校呈现一超众弱格局。受此影响，为保护浙江高分段考生的利益，浙大近年招生被迫照顾浙江，浙生比例近40%，这在一定程度上影响了分数线。目前，这问题也在逐步好转，首先，浙江自古是人文繁盛之地，生源质量好，多招些浙江人，对整体生源水平影响不大。其次，双一流格局后，浙江的其它学校也在崛起（如宁波大学等），可以分流浙大的招生压力。
综上所述，虽然浙大上述两个短板都在快速补足，但毕竟还需要时间。因此，固然我自己出身浙大，若现在让我评价浙交谁更适宜争三，虽两校实力大体相当，但我还是略微倾向于上海交大。
补充一句：我真是很欣赏上交。院系调整之后，上交在上海只剩下船舶方面的专业。但是，上交竟然能够奋起逆袭，反而盖了复旦一头，太不容易了。其勃勃生机，令人赞叹！复旦和上交相比，复旦已显疲软但上交却在强势崛起。未来，这个趋势估计更甚。
说句题外话：北清之间，清华建设人文社科学科建设得太好了，奋起直追，成效显著，令人赞叹。北大嘛，在建设工科方面并不出彩，但是在医科方面，做得又比清华好。目前，北大合并和吸收北医做得特别成功，但是清华没能成功合并协和，最近听说其有吸收首医的企图，但据说也失败了。
都是华五，中国前七的高校。都是一流大学A，c9，中国顶尖大学复旦大学的主体是原复旦大学和原上海医科大学，都是中国顶级大学。小而精大学，合并后医学的强势没有显露出来。
浙江大学的主体是原浙江大学、原杭州大学、原浙江医学院和原浙江农学院等。巨无霸大学，合并比较成功的大学。
复旦的知名度比浙大稍大。复旦的强项在文理科和医学，浙大的强项在工科和医学。医学方面，复旦比浙大强些。
这两个学校在各种排名中互有领先，半斤八两。
在国人的眼里，由于地理位置的原因，复旦比浙大稍好些，高考分数作证。
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