在市区内，东北大学是一所大型的私立大学，在芬威区有一座校园。波士顿大学是世界上最大的大学之一，位于查尔斯河畔的联邦大道。惠洛克学院、西蒙斯学院、马萨诸塞药学院和温沃斯理工学院组成了芬威大学群，毗邻东北大学。萨福克大学是一所小型私立大学，以法学院著称，校园坐落在灯塔山。新英格兰法学院是一所小型的私立法学院，位于剧院区，创建时是美国唯一的一所女子法学院。爱默生学院是一所小型的私立学院，在表演艺术领域、新闻、写作和电影方面有很高的声望，位置靠近波士顿公园。该市还拥有几所音乐学校和美术学校，包括马萨诸塞美术学院、新英格兰音乐学校（美国最古老的独立音乐学校）、波士顿音乐学校、波士顿美术博物馆学校和伯克利音乐学院。波士顿主要的公立大学是马萨诸塞大学波士顿分校，位于多尔切斯特的哥伦比亚角，该市的2所社区学院是洛克斯布里社区学院和邦克山社区学院。
几所美国主要的大学都位于波士顿外围，在该市有重要影响。哈佛大学是美国最古老的高等教育机构，位于查尔斯河对岸的剑桥。哈佛商学院和哈佛医学院位于波士顿，并正在计划在波士顿的阿尔斯顿附近进行重大扩展。麻省理工学院（MIT）最初位于波士顿市内，很长时期称为“波士顿理工学院”（1865-1916），在1916年才跨过查尔斯河迁往剑桥。塔夫脱大学管理着它的医学院和牙科学院，塔夫脱-新英格兰医疗中心是一个拥有451个床位的医学学术机构，拥有一个科室齐全的成人医院和流动的儿童医院。波士顿学院是市内最早的高等教育机构，也是美国最古老的耶稣会大学之一，位于栗树山。
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