1934年8月15日，童坦君出生于浙江慈溪，后转到上海求学。本科毕业后师从刘思职学部委员，攻读生物化学专业，1964年研究生毕业后留在母校北京医学院，从事生物化学科研与教学。
“文革”期间，童坦君下乡接受贫下中农再教育，正常的教学与研究中断。
1959年，毕业于北京医学院医疗系本科；
1964年，毕业于北京医学院生物化学专业研究生；
1972年，童坦君因病在家休养，但仍没放弃学习，这使他的专业水准能一直维持在一定的水平。
1978.12-1981.5，教育部派出改革开放后我国首批访美学者，美国约翰．霍普金斯大学访问学者,美国国立卫生研究院(NIH)博士后训练。
1978年七八月份，作为北京医学院助教的童坦君顺利通过学校选拔，参加了教育部主办的留学考试，英语笔试成绩60多分，口试更取得5分“满分”的好成绩。他是我国中美建交前夕首批派出的52名访美学者之一。
赴美后的头3个月，童坦君到美利坚大学学习英语。他们这批“大龄”中国留学生和另一半来自拉美和中东的学生同窗，语法、阅读甚至写作都是中国学生的强项，最难对付的是听写。老师念得很快，听了前句，忘了后句。不过经过大家努力，即使是听写，在结业时他们的成绩也不比别人差。
3个月后，童坦君转入约翰·霍普金斯大学，师从华裔生物物理学家曹安邦教授。霍普金斯大学的医学研究在美国享有盛名。在那里，童坦君第一次看到生物医学界人人熟知的可调取样器、超净工作台和二氧化碳孵育箱。印象特别深刻的是美国的学科融合现象。在中国，童坦君研究生物化学时，其他学科领域一般不会接触，而在美国就还要研究细胞生物学、生物物理学等学科，涉猎面广泛多了。
1964年4月留校任教至今，历任讲师（1978-）、副教授（1985-）、教授（1988-）等职。
1978年12月被教育部选拔为中美建交前首批访美学者，先在约翰．霍普金斯大学作研究访问，后在美国国立卫生研究院(NIH)进行博士后研究训练，1981年回国。
1986~1988年在美国加州大学戴维斯分校、纽约大学等地再次作研究访问。
1988 年，童坦君教授涉足老年医学基础研究，与原在我国从事该领域研究的张宗玉教授共同将分子生物学与细胞生物学理念与技术系统地引入我国衰老研究。他们率先在国内开展端粒、端粒酶与衰老相关性研究。主攻衰老分子机理，对影响衰老的遗传、环境及二者相互关系进行了研究，系统揭示p16 等细胞衰老相关基因的作用机制，基因调控及信号转导，发现环境因素不仅可直接作用，也可引发基因变化，间接影响衰老。在国际上首先证明p16 不通过端粒酶，可影响端粒长度与DNA 修复能力。为观察不同因素对衰老影响，创建了估算人类细胞年龄的基因水平生物学指征，建立了一套国际承认的评估细胞衰老定量指标，可用于衰老研究，也可检验药物抗衰作用。
2005年当选为中国科学院生命科学和医学学部院士。现为北京大学基础医学院教授，北京大学衰老研究中心主任。
童坦君教授于1978年被选拔为中国中美建交前夕首批派出的52名访美学者之一，先在约翰．霍普金斯大学作研究访问，后经美国国立卫生研究院(NIH)进行博士后训练，1986年-1988年在美国加州大学戴维斯分校、美国纽约大学等地作研究访问。
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