斯坦福大学在多个国内外大学排名中均在十强之列。其中，世界大学学术排名（ARWU）更是多年来都一直将其列作世界第二，包括最新的2015年排行榜。以下是斯坦福大学在世界四大排名中的排名情况。
2015-16年 世界大学学术排名，世界第2 ；
2015-16年 泰晤士高等教育世界大学排名，世界第3，声誉排名：世界第5 ；
2015-16年 QS世界大学排名，世界第3 ；
2015-16年usnews世界大学排名（US News），世界第4 。
另外，斯坦福大学在US News全美本科排名中位列第4 。
斯坦福也获得多个杂志调查评为最著名的学府之一。《普林斯顿评论》于2010及2013年所做的调查显示，斯坦福是最多美国家长及学生的“梦想学府”。一份于2003年发表的盖洛普投票显示，它也是美国普罗大众眼中第二最久负盛名的学府。美国商业杂志《福布斯》亦于2012年，赞赏斯坦福大学“因成就了硅谷及领导著世界经济与科技产品的发展，而为首屈一指的名校”。《纽约时报》及《石板杂志》甚至提到斯坦福作为“象征着美国大学”的地位及名誉。苹果公司联合创办者乔布斯曾于2005年以来宾身份到访斯坦福毕业典礼，并以“求知若饥，虚心若愚”为题致辞，鲜有地提及个人生平并勉励毕业生。斯坦福大学学科在世界排名均处于领先地位，尤其在统计与运筹学、电气工程学、计算机科学、医学、商学、社会科学等多个学科领域拥有世界级的学术影响力。
1）2015-16年ARWU世界大学学术排名学术领域、学科排名 ： 学术领域 世界排名学科（系） 世界排名工科2计算机科学1生命科学3数学2理科（自然科学）4化学3医科5物理学6社会科学6经济学/商学72）2015-16年泰晤士高等教育（THE）世界大学学术领域排名 ： 学术领域 工程技术
（工科） 人文艺术 自然科学
（理科） 社会科学生命科学医科世界排名1122473）2015-16年的QS世界大学学科（系）或学科内专业排名 ： 学科/专业 世界排名学科/专业世界排名学科/专业世界排名统计及运筹学2心理学4政治及国际关系 7 计算机科学2医学4地球及海洋科学8机械工程2土木工程5 （并列）艺术设计8 （并列）电机工程2生命科学5人类学8材料科学2化学5发展研究学9 （并列）化学工程2法学5 （并列）哲学12环境科学2近代语言学5建筑学23物理及天文学3社会政策及管理6表演艺术33矿业工程3语言学6农学及林学无经济学3英语及文学6牙医学无会计及金融3社会学6药学无教育学3历史学7兽医学无工商管理4考古学7地理学无数学4 （并列）通讯及媒体研究7护理学无在以上QS世界大学的42个学科排名中，斯坦福大学共有33个专业进入世界前10，仅次于加州大学伯克利分校（35个）位居世界第二，领先于第三名哈佛大学（30个） 。
4）2016-17年US News全美主要研究生院（Graduate School）排名 ： 自然科学（系） 全美排名人文社科（系）全美排名计算机科学 1（并列）心理学1生命科学1（并列）英语及文学2（并列）统计学1政治学2（并列）物理学2（并列）历史学4（并列）地球科学3（并列）社会学4（并列）化学4（并列）经济学5（并列）数学5（并列）犯罪学无2016-17年US News全美主要职业学院（Professional School）排名 ： 职业学院 教育学院商学院法学院工程学院医学院护理学院全美排名12 （并列）2（并列）2237（并列） 截止2015年斯坦福大学在Nature、Science上发表的文章数分别为1108 、1459；2010年斯坦福大学和美国国家海洋和大气管理局(NOAA)的科学家发现原油干扰鱼类的心脏细胞，心脏跳动速度减慢，降低心肌收缩力和心律不齐，可导致心脏骤停，心源性猝死，相关文章发表于2014年2月14日的《Science》杂志上，2011年斯坦福大学的研究人员开发了一种新型的单细胞PCR微流体技术，并利用这一技术对数百个结肠癌细胞进行了单细胞基因表达分析，由此获得了人类结肠癌异质性图谱。相关研究成果发表在《自然生物技术》（Nature Biotechnology）杂志上。
1962年SLAC在基本粒子物理学中有重大发现，这门学科为物质的基本构成提供了洞察力。这个426英亩的设施包括了两英里线性加速器，由美国大学的能源部门操作。在SLAC大约有1300名员工和3位斯坦福物理学家--Burton Richter，Richard Taylor和Martin Perl--由于他们所作的贡献获得了诺贝尔奖。
在1998年8月，附属于SLAC的最重要的Asymmetric B-Factory当科学家们引进两束光线--通过地下环形物沿相反方向长距离射过来的正负电子开始操作。科学家用这个工厂来揭露物质和反物质物理法则的微小区别。这个发现可以帮助说明为什么宇宙所包含的物质远多于反物质。
凭借学校的人才优势和丰富的资金、设备条件，斯坦福大学在科学研究方面取得了十分突出的成绩。其诺贝尔奖获得者的研究成果摘录如下： 姓名备注费利克斯·布洛赫1952年与爱德华·珀塞尔合作，发展核磁精密测量的新方法及其有关的发现，获得了1952年的诺贝尔物理学奖。林纳斯·保林1954年获诺贝尔化学奖，1964年获诺贝尔和平奖，是全世界极少有的两次获诺贝尔奖的学者之一，而在两个方面获奖的仅有他一个人，被誉为“生物化学之父”。亚瑟·空伯格1959年，获诺贝尔生理学和医学奖。这年，他合成了脱氧核糖核酸DNA，但是非活性的；以后的十年里，他继续研究，1967年，又在试管中复制出活性的DNA。罗伯特·霍夫斯达特1961年获诺贝尔物理学奖。通过学校的直线加速器，首次测出了核子、质子、中子的电荷密度分布。亚历山大·苏沃正宜春1970年，获诺贝尔文学奖。他是最著名的俄国小说家之一。作品有《第一循环》、《癌症病房》、《伊凡·德尼所维奇生活的一天》等。肯尼斯·阿罗1972年诺贝尔经济学奖。他和一名英国学者共同建立了一种平衡福利理论。弗里德利希·海克1974年，因与一瑞典学者共同建立了货币和经济涨落理论，共同获诺贝尔经济学奖。伯顿·理奇得1976年获诺贝尔物理学奖，他和另一名科学家分别发现了亚原子。米尔顿·弗里德曼1976年，获诺贝尔经济学奖。他强调以货币量作为政府政策的一种工具和商业循环及通货膨胀的决定因素，是芝加哥货币经济派的领袖，美国最著名、最有影响的经济学家之一。保罗·伯格1980年获诺贝尔化学奖。他是病毒繁殖、侵袭正常细胞并使之癌变的最早研究者，开发了试管内在酶的作用下将大肠杆菌的噬菌体基因与SV40基因结合在一起的技术。亚瑟·许瓦楼1981年诺贝尔物理学奖。1958年与其姐夫一起发表一篇论文，论文研究了激光，是激光的发明者之一。乔治·斯泰勒1982年，获诺贝尔经济学奖，专攻经济理论、工业组织、公共管理和经济史等。亨利·桃布1983年，获诺贝尔化学奖，无机化学巨匠。William Sharpe1990年诺贝尔经济学奖获得者，在经济学上为他对金融资产价格形成理论的贡献，资本资产定价模型。Gary S. Becker1992年诺贝尔经济学奖获得者，将微观经济学的领域扩展到人类行为和相互影响包括无心的举止这个宽阔的区域上来。Douglass North1993年诺贝尔经济学奖获得者，在经济史研究中应用经济理论和定量方法来解释经济和制度变迁。Martin Perl1995年诺贝尔物理学奖获得者，in Physics for his discovery of the tau lepton。Douglas Osheroff1996年诺贝尔物理学奖获得者，in Physics for the discovery of superfluidity in helium-3。Steven Chu1997年诺贝尔物理学奖获得者，发展了用激光冷却和捕捉原子的方法。Myron S. Scholes1997年诺贝尔经济学奖获得者，in Economics for a new method to determine the value of derivatives Robert B. Laughlin。朱棣文1997年诺贝尔物理学奖获得者，前美国能源部部长。Robert B. Laughlin1998年诺贝尔物理学奖获得者，阐明了少量量子的霍尔效应。布莱恩·克比尔卡2012年，他因在G蛋白偶联受体领域的研究荣获诺贝尔化学奖。苏德霍夫2013年，致力解开“突触”(Synapse)之谜，获诺贝尔奖生理学或医学奖。 2013年诺贝尔化学奖获得者，给复杂化学体系设计了多尺度模型。斯坦福大学的研究机构由院系实验室、大学与工业合作的研究中心、政府设在大学的研究中心以及独立研究机构四种类型组成，四类研究机构总共包括122个研究单位，分别是 70 个中心 (Center) 、16个实验室 (Lab) 、10个研究所(Institute)，以及各种项目 (Project) 、论坛 (Forum) 、计划 (Program)、研究组( Group) 等其他研究机构25个，其中独立科研机构共有12个，其中工程类5个，人文社会科学类7个，根据学校官网统计，科研机构已经承担了斯坦福大学科研总量的20%，学校的多数学术活动和项目都是由科研机构举办的。
其他隶属斯坦福的研究机构包括：SLAC国家加速器实验室（前身为斯坦福线性加速器中心）、斯坦福国际研究中心（原在大学校园内，现为独立机构）、胡佛战争、革命及和平学院（公众政策研究的智库）及哈索·普拉特纳设计研究学院（与波茨坦大学的哈索·普拉特纳研究学院合作的一个跨学科设计学院）。苏联曾经由于无法在自己的图书馆内找到1917年三月的“真理报”（第一期）副本，而不得不求助胡佛学院提供一份原版的微缩胶片存档。斯坦福大学12所独立科研机构基本概况中文名称英文简称成立时间人员规模主要研究领域爱德华兹实验室/1951年47量子电子学、 半导体激光、 皮 ( 可 ) 秒脉冲技术、 光学显微镜方法、 光纤、 超电导材料及其微波应用软件等。海森物理实验室HEPL1951年28天体物理学及相对论、 基于人造卫星的工程科学、 加速器物理学、 释放电子激光等。斯坦福国际问题研究中心 SIIS/295国际问题及挑战、 公共政策等交叉学科研究：亚太地区发展、 环境、 卫生保健、 国际安全、 欧美研究、 跨文化教育等。斯坦福语言和信息研究中心 CSLI1983年93信息、 计算机和认知科学领域的交叉研究：计算机科学、 语言学、 逻辑学、 哲学、 心理学、 教育学等。杰贝里高级材料研究实验室 GLAM1999年36高级材料研究： 数据记录与存储材料、 计算机材料、 电子材料、 磁性材料、 材料物理、 合成物、 光学物理等。斯坦福社会定量研究所 SIQSS1998年21使用定量研究方法研究社会学领域问题： 信息技术对社会的影响、 教育及其社会效应、 对人口普查结果的分析。斯坦福人文研究中心SHC1980年35人文、 历史、 哲学、 人类学等交叉研究中的热点问题。斯坦福 Bio - X研究中心 Bio - X1998年273生物科学同物理学、 化学、 工程学、 医学等学科的交叉研究 : 生物计算机、 结构生物学、 生物物理、 生物化学、 生物医学工程、 脑科学、 纳米等。全球气候与能源项目 GCEP2003年25氢、 可再生能源、 清洁能源、 减少二氧化碳排放的新技术、 能源运输系统、 高级核能源、 地理工程等。斯坦福经济政策研究所 SIEPR1982年54世界经济政策问题及其影响：企业、 政府、 财政、 货币、 劳动市场、 能源、 环境、科技等问题。卡福里粒子天体物理学与宇宙论研究所 KIPAC2003年34重力透镜化、 银河星系群、 盖然性数据分析方法、 一般相对论、 宇宙 Brane 世界模式、 黑洞物理学等。斯坦福教学改革研究中心 SCIL2002年56促进教学和学习的基础和应用技术研究：提升初学者学习能力、 构建有益学习环境、 使教学和学习透明化等。斯坦福大学基金雄厚，经费充足，教学设备也极为充裕，设有30个图书馆，不仅藏书八百万多万册，而且全电脑化管理。校内设有7000多部电脑供学生使用，亦设有多个电脑室及电脑中心为学生提供服务。学生可利用网络与校内的师生联系。有能容纳85000人的体育馆、高尔夫球场和游泳池等，充分体现了校园面积大的好处。
斯坦福大学图书馆与学术信息资源（SULAIR）收藏了九百万册书刊、二十六万册稀有书籍、一百五十万电子书档案、一百五十万视听材料、六百万微缩胶片存档及过千个其他电子文档，为全球最大及最多元化的学术图书库之一。
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