在2024年 QS 软件工程专业排名中，爱沙尼亚排在前500名的院校有：
| 排名 | 院校名称 | 所在城市 |
| 351 | 塔尔图大学 | 爱沙尼亚 |
| 401 | 塔林理工大学 | 爱沙尼亚 |
1. 塔尔图大学，QS 专排为351
塔尔图大学（爱沙尼亚语：Tartu Ülikool；拉丁语：Universitas Tartuensis）位于爱沙尼亚塔尔图，由瑞典国王古斯塔夫二世于1632年设立。她是欧洲最古老的大学之一，具有超过380年的历史，大学的临床医学在全欧排名前5，符号学全球排名第一，学校综合排名欧洲前100。目前爱沙尼亚的国家部长及其他国家领导和商界领袖中有80%毕业于该校。
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2. 塔林理工大学，QS 专排为401
塔林理工大学（爱沙尼亚语：Tallinna Tehnikaülikool；英语：Tallinn University of Technology）位于爱沙尼亚的首都塔林，始建于1918年，是该国最大的公立理工科大学，拥有爱沙尼亚最大的工商管理学院。 2013最新QS世界排名417.。
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