在2024年 QS 海洋科学专业排名中，日本排在前300名的院校有：
| 排名 | 院校名称 | 所在城市 |
| 11 | 东京大学 | 日本 |
| 51 | 京都大学 | 日本 |
| 101 | 东京工业大学 | 日本 |
| 101 | 东北大学（日本） | 日本 |
| 101 | 北海道大学 | 日本 |
| 101 | 名古屋大学 | 日本 |
| 151 | 九州大学 | 日本 |
| 201 | 筑波大学 | 日本 |
1. 东京大学，QS 专排为11
东京大学（日语：東京大学／とうきょうだいがく；英语译名：The University of Tokyo），简称东大（とうだい），是日本一所国立大学，前身曾为大日本帝国首座旧制帝国大学。1877年，原“东京开成学校”与“东京医学校”合并为东京大学。东大是日本第一所现代大学，也是日本著名学府，校友包括8名诺贝尔奖得主、6名沃尔夫奖得主、若干菲尔兹奖、罗伯•柯霍奖暨盖尔德纳国际奖得主、16名首相、21名（帝国）国会议长等。
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2. 京都大学，QS 专排为51
京都大学（日语：京都大学／きょうとだいがく Kyouto daigaku；英语译名：Kyoto University），简称京大（きょうだい），是一所本部位于日本京都市左京区的国立研究型综合大学。京大前身是日本第2所旧制帝国大学－京都帝国大学（1897年），亦为京都学派的发祥地。迄2014年，京大相关人物有10人获得诺贝尔奖，其中6人为毕业生。现校友涵盖若干菲尔兹奖、沃尔夫奖、拉斯克奖、罗伯·柯霍奖、盖尔德纳国际奖以及Darwin Medal得主、2名日本首相以及4名芥川赏得主。
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3. 东京工业大学，QS 专排为101
东京工业大学（日：東京工業大学／とうきょうこうぎょうだいがく，英语名称：Tokyo Institute of Technology）为日本东京的一所国立大学，本校区位于东京都目黑区大冈山。该校于1929年创办，大学的简称为“东工大”，英文简称为“Tokyo Tech”。该校于2011年度过130年校庆。东工大有3个校区，位于东京都目黑区大冈山的大冈山校区为主校区。另外两个校区为位于东京都港区芝浦的田町校区，以及位于横滨市緑区长津田町的铃悬台校区。
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4. 东北大学（日本），QS 专排为101
东北大学（日语：東北大学／とうほくだいがく Tōhoku daigaku；英语译名：Tohoku University），简称东北大，是一所本部位于日本东北地区仙台市的国立研究型综合大学。东北大前身是旧制帝国大学－东北帝国大学（1907年），起源于1736年的仙台藩藩校“明伦养贤堂”。 东北大是世界材料学中心，也是曾经接待爱因斯坦的物理学名校与光通信发祥之地。校友包括诺贝尔化学奖得主、拉斯克奖得主与日本第一个IEEE爱迪生奖章得主。知名留学生有文豪鲁迅以及复旦、台大、清华等中华圈名校的校长。
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5. 北海道大学，QS 专排为101
北海道大学（日语：北海道大学／ほっかいどうだいがく Hokkaidō daigaku；英语译名：Hokkaido University），简称北大（ほくだい；Hokudai）或海大，是一所位于日本北海道的国立研究型综合大学。北大前身是旧制帝国大学－北海道帝国大学（1918年），起源于1876年的“札幌农学校”。北大校友包括诺贝尔化学奖得主、罗伯·柯霍奖得主、3名芥川奖得主以及逾百名大学校长。
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6. 名古屋大学，QS 专排为101
名古屋大学（日语：名古屋大学／なごやだいがく Nagoya daigaku；英语译名：Nagoya University），简称名大，是一所本部位于日本爱知县名古屋市的国立研究型综合大学。名大前身是旧制帝国大学－名古屋帝国大学（1939年），目前拥有9个学部与13个研究科的规模。名大被誉为“日本版MIT”。迄2014年已有6人获得诺贝尔奖，其中5人为毕业生。
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7. 九州大学，QS 专排为151
九州大学（日语：九州大学／きゅうしゅうだいがく Kyūshū daigaku；英语译名：Kyushu University），简称九大（きゅうだい），是日本一所本部位于福冈县福冈市东区箱崎的国立研究型综合大学。九大前身是旧制帝国大学－九州帝国大学（1911年），起源于1867年的福冈藩医学校“赞生馆”。九大是全国首例导入“全学大学院重点化”制度的大学。
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8. 筑波大学，QS 专排为201
筑波大学（日语：筑波大学／つくばだいがく Tsukuba daigaku；英语译名：University of Tsukuba），是一所本部位于茨城县筑波市天王台1-1-1号的日本国立大学，也是结合筑波研究学园都市的新型大学，简称筑大（筑大つくだい）。前身为日本第一所师范学校“东京教育大学”。 筑大曾有3名教授获得诺贝尔奖。筑波校区占地258公顷，是日本面积最大的单一大学校园。
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