CS CE都可以转，没有问题
GPA低了，好在你也有研究生经历，可以拿科研这块好好开发下你的优势
CS的实习是要去的，哪怕水，再自学一些CS的课程，最好是能有certificate的那种，我记得Coursera上有，没证书也没关系，学到的东西是你自己的，回头写在文书里就可以，不一定就需要什么证明
如果是申master的话，前100是有把握的
最好也找找比较熟的学长学姐或者老师，多跟他们聊聊，听听多方意见
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