1、职业不同
执业药师：通常是指具有执业药师资格证书和执业药师注册证，并且在药品生产、流通、使用单位执业的药学技术人员，归属于药品监督系统。
执业医师：是取得医师资格证书后在当地卫生部门注册后取得行业准入证书，也是评价申请医师资格的人是否具备从事医师工作的知识与技能的考试。
2、工作性质不同
执业药师：执业药师应当遵守执业标准和业务规范，以保障和促进公众用药安全有效为基本准则。执业药师在执业范围内负责对药品质量的监督和管理，参与制定和实施药品全面质量管理制度，参与单位对内部违反规定行为的处理工作。
执业医师：在执业活动，遵守法律、法规，遵守技术操作规范；树立敬业精神，遵守职业道德，履行医师职责，尽职尽责为患者服务；关心、爱护、尊重患者，保护患者的隐私；努力钻研业务，更新知识，提高专业技术水平；宣传卫生保健知识，对患者进行健康教育。
3、处方权不同
执业药师：没有处方权，具有有审方权，是可以进行指导用药的。
执业医师：是可以拥有处方权的，可以行使对病人进行诊断并依据诊断做出诊疗方案的权力。
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