南通大学医学院前身是南通医学院，渊源于1912年3月清末状元张謇及其兄创办的私立南通医学专门学校，是我国最早创办的高等医学院校之一，至今已有103年的办学历史。
学院现有19个系，其中临床医学系、影像医学系下设18个教研室;分别设有基础医学和临床医学实验教学中心，还设有基础医学和临床医学研究中心及13个研究所。
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近年来，获国家技术发明二等奖1项，江苏省科学技术进步一等奖2项，承担国家级科研项目119项，部省级科研项目81项，市级科研项目378项;获市级以上科研成果奖237项;获发明专利30余项;SCI收录论文450余篇，出版教材专著26部，获江苏省高等教育教学成果特等奖2项及一批市级教学成果奖。
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